一、陕西汉族人群和食管癌患者Rb基因的多态性（论文文献综述）
陈鹏[1]（2021）在《陕西汉族非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关性及MIR17HG与其microRNAs在结直肠癌中的作用研究》文中提出目的:通过非编码RNA基因多态性筛选出陕西汉族结直肠癌易感人群,筛选与结直肠癌发生密切相关microRNA,并对其在结直肠癌发生发展中的作用进行探讨,为临床预防及早期诊断结直肠癌提供理论依据。方法:1.设计一项包括514例CRC患者和510例健康对照的病例-对照关联研究,选取9个lnc RNAs基因[MIR137HG、MIR143HG（CARMN）、MIR3142HG、LINC-PINT、MIR124-1HG、MIR675HG（H19）、MIR17HG、MIR497HG和MIR133A1HG]、7个miRNAs基因（MIR577、MIR608、MIR675、MIR192、MIR618、MIR492和MIR423）及GREM1基因的49个SNPs,采用Agena Mass ARRAY基因分型技术,对所筛选的SNPs位点进行基因分型,通过卡方检验、logistic回归分析在遗传模型和分层分析下这些位点与中国陕西汉族人群CRC发病风险及临床病理参数之间的关系。并进行单倍型分析及MDR分析寻找预测CRC风险的最佳模型。2.分析MIR17HG及miR-17-92a簇在CRC病例及对照组的组织及血液中的表达。从TCGA和GDC数据库下载肿瘤RNA-seq数据,分析MIR17HG的mRNA表达。在TCGA数据库中下载生存数据用于生存分析,下载miRNA-seq表达量数据用于分析不同疾病分期的差异。从SRA和GEO数据库中下载数据用于健康人和患者血清及不同临床分期患者血清中游离miR-17-92a簇的丰度比较。3.纳入未经过任何治疗的陕西汉族病例50例,健康对照50例,用RT-qPCR对其血清中miR-17-92a簇的microRNAs表达进行检测,用ROC曲线判断这些microRNAs在诊断结直肠癌病例中的作用。4.用hsa-miR-18a-5p mimics和hsa-miR-18a-5p inhibitor对结直肠癌HCT116和SW480进行处理,研究hsa-miR-18a-5p对结直肠癌细胞的作用。利用shortest path算法分析蛋白互作网络中各基因与表达差异基因之间的网络关系,筛选结直肠癌的候选关键靶基因并进行初步验证。结果:1.rs73376930与增加中国陕西汉族CRC发病风险相关;而rs7549905、rs7318578、rs633727和rs58658771与降低中国陕西汉族CRC发病风险相关。单倍型GA较CA（rs3024270和rs2075744）、单倍型CT较TA（rs4779584和rs58658771）、单倍型AA较AG（rs2293581和rs73376930）均与降低CRC风险相关。含5个SNPs位点的模型（rs9440302,rs353300,rs1582417,rs157928,rs3024270）为预测CRC最佳模型,其交叉检验一致性为9/10,平衡精确性为:0.719,可预测患CRC的风险OR为6.65（95%CI:4.96-8.91）。2.MIR17HG在CRC组织中高表达,在Ⅳ期病例及黑种人中最高。miR-17-92a簇在CRC组织及血清中高表达,hsa-miR-20a-5p表达量最高。3.在陕西汉族结直肠癌病例血清中hsa-miR-18a-5p和has-miR-92a-1相对表达量高于正常人群。hsa-miR-18a-5p表达量与临床分期相关。血清hsa-miR-18a-5p+CEA+AFP诊断早期结直肠癌的AUC=0.899（95%CI:0.836-0.962,P<0.001）,灵敏度=0.88,特异性=0.738,优于单一指标。4.hsa-miR-18a-5p能降低CRC细胞的增殖、克隆形成能力,增加细胞凋亡的发生。用最短距离算法评估hsa-miR-18a-5p可能的11个靶基因,hsa-miR-18a-5p可能通过靶向LIF起到抑制CRC发展的作用。结论:1.非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关。含五个SNPs的模型可以预测CRC的发病风险。2.MIR17HG与结直肠癌发生密切相关。MIR17HG及其microRNAs在CRC组织中高表达,表达量与临床分期及种族相关。miR-17-92a簇在CRC血清中高表达。3.在陕西汉族CRC血清中hsa-miR-18a-5p、hsa-miR-92a-3p表达量增加,hsa-miR-18a-5p+CEA+AFP在诊断早期结直肠癌中具有优越性。4.hsa-miR-18a-5p的高表达能降低结直肠癌细胞的增殖、克隆形成能力,促进细胞凋亡的发生。
唐颖[2]（2020）在《阳江高本底辐射地区居民IL-2、IL-2R基因表达水平和IL-2R基因多态性研究》文中指出研究背景与目标:电离辐射尤其是低剂量电离辐射在人们日常生活中随处可见,其对人体的免疫效应也是近年来电离辐射健康效应的研究热点之一。我国阳江高本底地区是世界上几处天然低剂量电离辐射地区之一,平均受照剂量约为6.4 m Sv/a,与职业人群相当,因此该地区人群低剂量电离辐射所致健康效应研究结果对于公众和职业受照人群健康效应也具有一定参考性。既往研究结果表明,与对照地区（Control Areas,CA）相比,天然放射性高本底地区（High Background Radiation Areas,HBRA）人群有免疫增强的趋势,多种Th1型细胞因子表达水平增加。白介素-2（Interleukin 2,IL-2）是具有重要免疫功能的Th1型细胞因子,课题组在前期研究结果中发现HBRA人群外周血IL-2水平略高于CA人群,但差异并无统计学意义。文献检索结果发现,目前尚无长期、低剂量电离辐射下IL-2、IL-2R基因表达水平和基因多态性位点变化相关的人群流行病学研究。本次研究是在前期研究基础上,对阳江天然放射性高本底地区居民外周血的IL-2及其受体IL-2R的基因表达水平,以及IL-2R相关基因多态性进行研究,探讨低剂量电离辐射下健康人群IL-2相关指标结构和功能变化情况。研究方法:1.研究对象按照纳入排除标准,在阳江阳西县塘口镇（高本底地区HBRA）和对照地区恩平市横坡镇（CA）筛选符合条件的长期居住的男性居民纳入研究对象。2.问卷调查对纳入的研究对象进行问卷调查。调查内容包括一般情况（年龄、性别、民族等）、健康状况、医疗行为、生活习惯、食物营养状况、应激生活事件等相关情况。3.个人外照射剂量评估利用热释光剂量计（Thermo luminescent dosimeter,TLD）对各调查对象进行连续3个月的个人外照射累积剂量监测,剂量计回收后使用Fg-427A1型热释光剂量读出器分析读出具体数值,按照年外照射剂量=90天外照射剂量（季度个人外照射剂量）×4进行计算;年内照射剂量来自前期研究结果,年有效剂量=年外照射剂量+年内照射剂量。4.研究指标和实验方法收集研究对象外周血后,使用实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-Time quantitative Polymerase Chain Reaction,RT-q PCR）方法测定两组居民外周血白细胞中IL-2、IL-2R各亚基（IL-2RA、IL-2RB、IL-2RG）m RNA的相对表达量（ΔCt）,并比较上述各基因在两组居民中的表达差异。提取两组人群血液样本中DNA,采用Sequenom Mass Array法测定IL-2RA、IL-2RB、IL-2RG启动子区上单核苷酸多态性位点（Single Nucleotide Polymorphisms,SNP）,并比较各位点在两组居民中的表达差异。5.数据处理应用SPSS 20.0进行数据统计分析,使用Excel进行图表处理。计数变量:进行卡方检验（X2）、校正卡方检验及确切概率法（Fisher）。计量资料:每组计量资料需先进行正态性检验（Shapiro-Wilk test,S-W检验）,若两组资料均服从正态分布,或可以经取对数转换成为正态分布的数据,则结果以“均数±标准差”（（?）±s）来表示,独立样本t检验分析比较组间差异;若经对数转换后该组数据仍不服从正态分布,应采用非参数检验中的U检验（Mann-Whitney U检验）进行比较分析。相关性分析均采用Spearman秩相关进行分析。检验水准为α=0.05。研究结果:1.按照纳入排除标准,最终从阳江阳西县塘口镇（高本底地区HBRA）和对照地区恩平市横坡镇各纳入48、51名45～65岁健康男性作为研究对象。经t检验分析,两组研究对象年龄分布差异无统计学意义（P>0.05）。对两地区居民存在的可能影响结果的混杂因素进行均衡性分析,发现两地居民在一般情况、饮食偏好、烟酒、健康状况、居住旅行史和应激性事件等方面,大部分指标差异无统计学意义（P>0.05）,表明两组居民具有可比性。2.HBRA居民和CA居民的个人外照射剂量（季度）分别为（0.92±0.21）m Sv和（0.32±0.09）m Sv,年有效剂量分别为6.95 m Sv/a和2.32 m Sv/a,HBRA居民由于天然辐射所致人均年有效剂量约为CA居民的3倍。3.在HBRA和CA居民外周血白细胞中,IL-2受体γ链（IL-2RG）m RNA相对表达量（ΔCt）HBRA居民高于CA居民,差异具有显着性（P<0.05）;其余两条受体链α（IL-2RA）、β（IL-2RB）以及IL-2 m RNA相对表达量（ΔCt）在两地区间水平相当,差异均无显着性（P>0.05）。4.IL-2RB上rs76206423（A/G）基因型分布在HBRA和CA居民间差异有统计学意义（P<0.05）,该位点上HBRA以纯合野生型AA为主,CA居民以杂合型AG为主。其余位点的等位基因和基因型在两地间的分布差异一致（P>0.05）。与人类基因组计划（Hap Map）（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/）公布的五个人种/人群比较,HBRA居民rs76206423突变型等位基因G分布频率高于非洲、欧洲、南亚、美洲人群,且种族间差异有统计学意义（P<0.05）,与CA和东亚人群分布频率相符（P>0.05）,HBRA人群可能在该位点上变异程度较高。HBRA人群中rs7072793（T>C）的MAF分布与Hap Map比较,发现其与东亚、南亚和美洲分布相符,具有遗传保守性,与非洲和欧洲人群分布差异具有统计学意义（P<0.05）,非洲和欧洲人群rs7072793位点等位基因以野生型T为主,HBRA以变异性等位基因C为主为主。在该位点上HBRA汉族男性变异程度较高,变异型等位基因C比例明显高于欧美人群。rs3118470（T>C）在HBRA的分布与东亚和南亚相符,与非洲、欧洲和美洲人群分布差异具有统计学意义（P<0.05）。在该位点上,HBRA和人类基因组计划研究人群均以野生型T为主,但与非洲、欧洲和美洲人群相比,HBRA人群具有更高的遗传变异性,变异型等位基因C比例明显高于欧美人群。研究结论:1.HBRA居民IL-2、IL-2RA、IL-2RB基因表达水平与CA居民相当,可能是机体维持内环境稳定的表现;IL-2RG基因表达水平高于对照地区,有望成为低剂量电离辐射下机体发生适应性反应的标志物。2.HBRA人群IL-2R基因启动子区rs7072793、rs3118470、rs76206423变异型等位基因频率高于大部分人种/人群,具有更高的遗传变异性。3.推测长期天然放射性高本底辐射下,HBRA人群可能有免疫适应性。
刘攀[3]（2020）在《ALDH2和C12orf30基因多态性与新疆汉族、哈萨克族食管鳞癌的易感性及预后的相关研究》文中研究表明目的:探讨新疆汉族、哈萨克族人群染色体12q24区域中ALDH2（乙醛脱氢酶2）基因单核苷酸多态性rs671（G>A）和c12orf30（N-α-乙醛转移酶）基因单核苷酸多态性rs4767364（A>G）与食管癌易感性及预后的关系。方法:新疆地区食管癌患者哈萨克族65例,汉族62例;同一地区无肿瘤病史的正常人群对照哈萨克族75例,汉族50例。采用Taq Man等位基因鉴别技术检测研究对象染色体12q24区域中ALDH2基因rs671位点和c12orf30基因rs4767364位点的多态性基因型分布;采用Hardy-Weinberg平衡定律检验基因型分布情况。分析rs671位点和rs4767364位点各基因型与食管癌患者预后的关联。结果:新疆哈萨克族食管癌组与对照组中,ALDH2基因rs671位点GG、GA、AA基因型频率分别为46.15%、40.00%、13.85%和68.00%、26.67%、5.33%,ALDH2基因rs671位点基因型频率在新疆哈萨克族食管癌组与对照组之间有显着性差异（P<0.05）;新疆汉族食管癌组与对照组中,rs671位点GG、GA、AA基因型频率分别为54.84%、40.32%、4.84%和58.00%、38.00%、4.00%,rs671位点基因型频率在新疆汉族食管癌组与对照组之间无显着性差异（P>0.05）。新疆哈萨克族食管癌组与对照组中,c12orf30基因rs4767364位点AA、AG、GG基因型频率分别为75.38%、21.54%、3.08%和78.67%、18.67%、2.67%,c12orf30基因rs4767364位点基因型频率在新疆哈萨克族食管癌组与对照组之间无显着性差异（P>0.05）。新疆汉族食管癌组与对照组中,c12orf30基因rs4767364位点AA、AG、GG基因型频率分别为64.52%、32.26%、3.23%和66.00%、30.00%、4.00%,c12orf30基因rs4767364位点基因型频率在新疆汉族食管癌组与对照组之间无显着性差异（P>0.05）。ALDH2基因rs671位点与新疆哈萨克族、汉族食管癌预后均相关（P<0.05）,c12orf30基因rs4767364位点与新疆哈萨克族食管癌预后相关（P<0.05）,与汉族食管癌患者预后无关（P>0.05）。结论:染色体12q24区域中,ALDH2基因rs671（G>A）与新疆哈萨克族食管癌易感性及哈萨克族、汉族的食管癌患者预后可能均相关。c12orf30基因rs4767364位点与哈萨克族食管癌患者预后可能相关。通过对ALDH2基因、C12orf30基因多态性与吸烟、饮酒及体重指数的相关性研究得出,ALDH2基因的rs671位点在饮酒人群和不饮酒人群中,以及在不同分级的BMI指数人群中,病例组和对照组分布差异均不显着。C12orf30基因rs4767364位点在饮酒人群和不饮酒人群中、吸烟人群和不吸烟人群中,病例组和对照组分布差异均不显着。C12orf30基因rs4767364位点基因型、等位基因频率在III+IV级人群中分布差异显着,经性别、诊断年龄、家族史、吸烟、饮酒等因素调整后则无显着相关性。在进一步的研究中发现,ALDH2基因、C12orf30基因多态性与新疆汉族、哈萨克族ESCC放射敏感性的相关性研究,显示ALDH2基因rs671位点的AA基因型的放疗疗效与其他两个基因型比较,有统计学差异。余均与放射敏感性不相关。
张月华[4]（2020）在《基于炎性基因多态性的胃癌个体化风险评估》文中提出目的通过meta分析方法汇总近年来炎性基因多态性与胃癌的关联研究,合并效应量分析筛选出与胃癌相关的炎性基因多态性位点,使用通过实验验证后的多态性位点,建立结合炎性基因多态性位点和传统环境危险因素的胃癌个体化风险评估评分规则,并进行初步内部验证。方法1.基于meta分析的炎性基因多态性与胃癌的关联研究及流行病学评价（1）将胃癌、炎性基因、多态性作为主题词并与自由词进行组合,收集在七大数据库（中国知网、万方、维普、Embase、Web of Science、Pubmed、Cochrane 数据库）上发表至今研究对象为中国汉族人群的文献研究资料。使用NOS量表进行研究的质量评价。（2）使用STATA 15.0软件对炎性相关基因的各多态性位点研究进行合并效应量比值比（Odds ratio,OR）及95%可信区间（95%Confidence Interval,95%CI）的计算及发表偏倚的检查。使用假阳性报告率（False positive report probability,FPRP）对其合并结果的真实关联性进行检验。（3）使用归因危险度百分比（A tributable Risk Percent,ARP）和人群归因危险度百分比（Population Attributable Risk Proportion,PARP）对其效应进行流行病学评价。2.炎性多态性位点与胃癌易感性关联的实验验证（1）以660例病理学或组织学确诊的胃癌患者作为病例组,660例与其性别、年龄频数匹配的健康人群作为对照组进行病例对照研究。使用荧光多重酶连接反应基因分型技术进行实验基因分型,盲法判读分型结果。（2）通过拟合优度卡方检验方法检验对照人群中的基因型分布是否符合遗传学哈迪-温伯格平衡定律。通过非条件逻辑回归方法分析炎性多态性位点与胃癌的关联性并确定位点的最佳拟合遗传模型。（3）使用Mantel-Haenszel方法进行环境因素的层间差异分析及比较。使用Cochran-Armitage检验方法评价炎性基因多态性位点突变数目与胃癌发生风险的趋势性关联。3.胃癌发生风险评估评分规则的建立及验证（1）将实验验证确定的研究对象随机分组,2/3研究对象为训练组,1/3研究对象为验证组。训练组中分别基于炎性基因多态性位点、基于传统环境危险因素、结合炎性基因多态性位点和传统环境危险因素进行多因素逻辑回归分析,建立风险评价模型。比较三模型之间的评价指标后,选择最优模型作为胃癌风险个体化评估评分规则建立的基础。（2）通过受试工作者曲线（Receiver Operating Characteristic curve,ROC）及曲线下面积（Areaunder Curve,AUC）、净重新分类指数（Net ReclassificationIndex,NRI）、Brier 分数（Brierscore,BS）、Hosmer-Lemeshow检验、灵敏度（Sensitivity,Sen）、特异度（Specificity,Spe）、准确度（Accuracyrate,AR）、阳性预测值（Positivepredictive value,PPV）、阴性预测值（Negative predictive value,NPV）、阳性似然比（Positive likelihood ratio,+LR）、阴性似然比（Negative likelihood ratio,-LR）指标进行模型整体评价和模型间比较。（3）根据最优风险模型中的回归系数β值建立风险评估评分规则,并在验证组中进行内部验证。使用ROC及AUC评价比较其评分规则在训练组和对照组的预测效能。评分规则的表现性评价通过Sen、Spe、AR、PPV、NPV、+LR、-LR 指标进行评价。结果1.共纳入87篇文章,151个多态性位点研究,以进行合并效应量定量综合分析。高质量研究（NOS≥7分）占比为43.71%（66/151）。中高质量研究且两个以上遗传模型与胃癌有关联的位点共有7个,分别为Cox-2 rs20417、IL-10 rs1800896、IL-17F rs763780、IL-17A rs2275913、IL-17Ars8193036、TGF-BR2rs3773651 和 VDRrs731236。流行病学评价结果显示,一般人群PARP大小排名前三的位点模型分别为IL-17A rs2275913 GG vsAA（23.17%）,IL-10rs1800896AAvs GG（12.13%）,TGF-BR2 rs3773651 GG vsAA（8.63%）。2.实验基因分型结果显示:Cox-2rs20417位点,IL-17Ars2275913位点,TGF-BR2 rs3773651位点,IL-17F rs763780位点和IL-17Ars8193036位点的共显性模型与胃癌发生有统计学关联。Cox-2rs20417位点风险等位基因为G,以CC基因型为参照,CG基因型使胃癌患病风险增加（OR=1.55,95%CI:1.10-2.19,P=0.012）。TGF-BR2 rs3773651位点风险等位基因为A,以AA基因型为参照,AG基因型使胃癌患病风险降低（OR=0.69,95%CI:0.51-0.93,P=0.015）。IL-17A rs2275913 位点风险等位基因为A,以GG基因型为参照,AA基因型使胃癌患病风险增加（OR=1.43,95%CI:1.05-1.93,P=0.022）。IL-17F rs763780位点风险等位基因为C,以TT基因型为参照,TC基因型使胃癌患病风险增加（OR=1.42,95%CI:1.09-1.85,P=0.010）。IL-17A rs8193036 位点风险等位基因为T,以CC基因型为参照,CT基因型使胃癌患病风险增加（OR=1.29,95%CI:1.03-1.63,P=0.027）。3.IL-17A rs2275913位点和IL-23R rs1884444位点的最佳拟合遗传模型是隐性,Cox-2 rs20417 位点、TGF-BR2 rs3773651 位点、IL-17A rs8193036 位点和 IL-17F rs763780位点的最佳拟合遗传模型是显性。经性别、年龄、胃癌家族史、吸烟、饮酒因素调整之后,随着位点突变数目的增加,胃癌的患病可能性增加（Ptrend=3.75×10-5）。4.结合炎性基因多态性位点最佳拟合遗传模型和传统环境危险因素构建的胃癌个体化风险预测模型的评价效果最好（AUC=0.724,校准度:0.986,BS=0.021,NRI=16.2%,Sen=77.06%,Spe=62.56%,AR=67.95%,PPV=67.6%,NPV=72.9%,+LR=2.06,-LR=0.37）。5.建立的胃癌发生风险评估评分规则的得分范围为[0,25],该规则预测胃癌发生风险的AUC为0.713（95%CI:0.682-0.743）,P<0.0001,区分度中等。总得分的最佳临界值为10分,其预测胃癌发生的评价指标分别为:Spe=77.29%、Spe=61.40%、AR=68.30%、+LR=2.00、-LR=0.37、PPV=67.00%、NPV=72.70%。11-25 分高风险人群中胃癌患者占比为67.0%,显着高于0-10分低风险人群中胃癌患者占比27.3%,P<0.0001,区分度良好。验证集内部验证结果与训练集一致。结论1.Meta 分析结果表明 Cox-2rs20417、IL-10rs1800896、IL-17F rs763780、IL-17A rs2275913、IL-17A rs8193036、TGF-BR2 rs3773651 和 VDR rs731236 位点与胃癌发生可能存在真实关联。2.基因分型实验验证Cox-2rs20417、IL-17F rs763780、IL-17A rs2275913、IL-17A rs8193036、TGF-BR2 rs3773651和IL-23R rs1884444为胃癌的相关炎性基因多态性位点。3.炎性相关基因多态性位点纳入到传统环境危险因素胃癌发生风险预测模型后所构建的综合胃癌发生风险预测模型,优化了传统环境危险因素模型的预测效能和校准度。4.以综合胃癌发生风险预测模型为基础建立的风险评估评分规则区分度良好,内部验证结果一致。该评分规则对胃癌高危人群的早期筛查以及个体化胃癌发病风险检测和控制具有重要意义。
段富交[5]（2020）在《胃癌危险因素的定量评估及发病风险预测模型构建》文中指出胃癌（Gastric Cancer,GC）是消化系统最常见的恶性肿瘤,死亡率位居中国恶性肿瘤第二位。研究表明早期胃癌可获得根治性切除,预后较好,五年生存率可达90%,但胃癌的早期检出率不足10%,处于胃癌进展期患者,其五年生存率不足30%,目前仍缺乏有效的非侵入性的早期胃癌筛查的诊断方法。胃癌的发生发展是幽门螺杆菌（Helicobacterpylori,Hpylori）感染、环境和遗传等多因素参与的过程,除Hpylori感染、吸烟、饮酒及高盐饮食等目前已确认的危险因素外,单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）和长链非编码RNAs（Long non-coding RNA,lncRNAs）在胃癌中的广泛作用正逐步被披露。由于胃癌的复杂性与异质性,确定其潜在危险因素并通过模型进行风险预测已在高危人群的早期识别、精准预防以及个体化干预中广泛应用。然而,目前现有的风险预测模型中,未见将lncRNAs作为风险因子纳入评估,且在胃癌领域未见基于多基因风险评分（Polygenic risk scores,PRS）构建的风险预测模型。目的通过定量系统评价和Meta分析明确Hpylori感染、环境等非遗传因素和遗传因素对中国人群胃癌发生的影响及其流行病学意义:基于人群验证关联结果,构建胃癌风险预测模型,通过评价各模型间的预测能力,筛选出最优模型,为中国人群胃癌的早期诊断和精准预防提供可能的依据。方法1.遗传和非遗传因素与胃癌发病风险的流行病学评价（1）利用 PubMed、EMBASE、Cochrane Library、Web of Science、CNKI、Wanfang、VIP和CBM数据库进行系统文献检索,对在中国人群中实施并探讨生物、行为、环境和遗传因素与胃癌发病相关的研究进行定量合并分析,并采用Venice标准对积累证据进行质量评价。（2）利用比值比（Odds ratio,OR）及 95%置信区间（95%Confidence Interval,95%CI）分析非遗传和遗传因素与胃癌发病关联强度,假阳性报告概率（False positive reporting probability,FPRP）评估显着性关联结果,并对关联显着的非遗传和遗传因素组合对胃癌发病风险贡献分别进行评价。（3）采用遗传分数（Genetic score）、归因危险度（Attributable risk percentage,ARP）、人群归因危险度（Population attributable risk percentage,PARP）进行流行病学效应评价。2.基于多基因风险评分的胃癌风险预测模型构建（1）利用生物信息学方法筛选出胃癌中存在差异表达并与microRNAs（miRNAs）具有潜在结合位点的lncRNAs及其对应功能性SNPs;根据循证医学（Evidence based medicine,EBM）策略筛选出具有遗传关联的SNPs,并结合已发表的相关领域性系统综述中中国人群相关联位点,对数据进行质控后纳入人群验证。（2）采用1:1频数匹配的病例-对照研究设计,按性别和年龄（±2岁）进行个体匹配,收集660例经病理学确诊的胃癌患者和660例社区正常对照人群血液样本。分别采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP）、创造性酶切位点原理结合 PCR-RFLP 方法（Created restriction site-PCR-RFLP,CRS-PCR-RFLP）和荧光多重酶连接反应（Improved multiplex ligation detection reaction,iMLDRTM）对lncRNA SNPs和EBM筛选SNPs进行基因分型。（3）采用拟合优度卡方检验（Chi square test of goodness of fit）评估对照人群的基因型分布是否符合哈迪-温伯格平衡（Hardy-Weinberg equilibrium,HWE）,使用非条件Logistic回归完成两部分SNPs与胃癌发病风险的关联性分析。（4）利用Plink进行关联性SNPs的数据质控、等位基因的关联分析及PRSice-2（Polygenic risk score software）基础数据集（Base dataset）和目标数据集（Target dataset）的生成;基于加权遗传风险评分（Weighted genetic risk scores,wGRS）和PRS,利用经EBM筛选关联验证后SNPs分别构建风险预测模型,将lncRNA SNPs作为危险因素的独立数据集纳入风险预测模型,并使用Empirical P-value进行模型内10,000次拟合以优化参数,构建最优模型。（5）利用受试者工作曲线（Receiver operating characteristic,ROC）及曲线下面积（Areaunder curve,AUC）评价不同模型对胃癌的识别度;采用净重新分类指数（Net reclassification improvament,NRI）和整体鉴别指数（Integrated discrimination improvement,IDI）评估wGRS和PRS模型的预测能力;利用赤池信息准则（Akaike information criterion,AIC）和贝叶斯信息准则（Bayesian information criterion,BIC）评价模型的拟合程度。结果1.H.pylori感染、吸烟、饮酒、家族史、胃部疾病、高盐饮食、腌制食品、快速进食、不规律饮食、食用烫食、烟熏煎炸、辛辣饮食、精神抑郁和糖尿病与胃癌发病相关性分析结果具有统计学意义（P<0.01）,Hpylori感染率与胃癌发病率趋势基本一致。2.PSCA rs2976392、rs2294008,MUC1 rs4072037,MTHFR rs1801133,COX-2 rs20417,XRCC1 rs 1799782,rs25487,XRCC3 rs861539,NAT2 rs1799930、rs1799929,NAT2 Phenotype（Slow/Fast）、PLCE1 rs2274223、rs3765524,GSTM1,GSTT1,IL-17A rs2275913、rs8193036,PRKAA1 rs13361707,ERCC5 rs751402,TGFBR rs3773651,IL-10rs1800896 和VDR rs731236 与胃癌发生相关性分析结果具有统计学意义（P<0.05）。3.胃癌非遗传因素与遗传因素组合分布风险的累积频率分别与合并OR值及遗传分数高度相关,经对数变换后,累积频率对应的OR值和遗传分数均符合正态分布;对于非遗传因素,ARP的前三位分别为胃部疾病（66.33%）、腌制食品（54.34%）和烟熏煎炸（49.75%）;PARP前三位分别为腌制食品（33.85%）、食用烫食（24.73%）和H.pylori感染（23.30%）。对于胃癌相关联的SNPs,ARP前三位的分别为NAT2,rs1799929（53.91%）、NAT2表型（53.05%）和1L-10 rs1800896（42.85%）;对于PARP前三位的分别为 VDR rs731236（36.96%）、TGFBR2 rs3773651（25.58%）和 MUC1 rs4072037（20.56%）。4.基于等位基因、突变杂合、突变纯合、显性和隐性五种遗传模型,根据性别、年龄、吸烟、饮酒和胃癌家族史调整进行多因素logistic回归分析,结果显示,在 21 个胃癌相关 lncRNA SNPs 中,14 个 SNPs（rs1859168、rs4784659、rs579501、rs77628730、rs7816475、rs6470502、rs1518338、rs2867837、rs12494960、rs7818137、rs3825071、rs7943779、rs911157 和 rs16981280）与胃癌发病风险关联具有统计学意义（P<0.05）;EBM筛选并验证后的20个SNPs与胃癌发病风险相关性分析表明,15 个 SNPs（rs2294008、rs25487、rs751402、rs1801133、rs1799782、rs763780、rs8193036、rs4072037、rs2274223、rs2275913、rs20417、rs13361707、rs3773651、rs1799930和GSTM1）与胃癌发病风险具有统计学关联（P<0.05）。5.对lncRNA SNPs和EBM筛选SNPs在病例组与对照组中的分布分别进行wGRS,其病例组的wGRS均值均高于对照组。对两种来源的SNPs,根据wGRS评分分布进行分组,以0-1分组人群为参照,随着分数组的增加,胃癌发病风险显着增加,PRS与wGRS分布及分组比较结果趋势一致。6.将EBM筛选并经关联验证SNPs的PRS分为十分位,以40-60%分位为参照,结果表明,随着分位的降低,个体发病风险总体呈下降趋势;随着分位增高,胃癌发病风险呈显着的增加趋势;其中,处于最低10%的十分位风险评分的个体发病风险比一般人群低47%（OR=0.53,95%CI:0.34,0.83）;PRS处于最高10%的十分位个体胃癌发生风险是一般人群的3.24倍（OR=3.24,95%CI:2.07,5.06）。7.利用NRI和IDI,对增加一种或多种新的危险因素后模型的预测效果改善情况进行评估,结果显示,在同种因素或条件下,PRS模型均优于wGRS模型且胃癌相关lncRNA SNPs作为独立数据集可有效提高模型的识别度。根据纳入不同危险因素构建模型的ROC曲线,结合不同因素对wGRS和PRS模型的AIC和BIC影响的比较,筛选出拟合优度最佳者。结果显示,在PRS基础上引入lncRNA SNPs、吸烟、饮酒及H.pylori感染具有最佳的拟合优度和预测能力（AUC:0.78（0.68,0.88）,AIC=117.23,BIC=122.31）。结论1.胃癌非遗传因素与遗传因素组合分布的累积频率和其发病风险均具有明显的线性关系,随人群累积频率的减小,胃癌发病风险显着增加。2.H.pylori感染、腌制食品和食用烫食,VDR rs731236、TGFBR2 rs3773651和MUC1 rs4072037在人群中的暴露对胃癌的发生贡献较大。3.胃癌关联性SNPs与其lncRNA SNPs存在显着的联合作用,在同种因素或条件下,PRS模型优于wGRS模型且引入胃癌相关lncRNA SNPs可显着提高模型的识别度。4.PRS联合lncRNA SNPs、吸烟、饮酒及H.pylori感染的模型对胃癌发病风险具有最优预测能力,有助于区分胃癌高风险和低风险人群。
李静[6]（2019）在《端粒长度及端粒相关基因与陕西汉族人群食管癌的相关性研究》文中进行了进一步梳理研究背景和目的:食管癌（esophageal cancer,EC）的发生发展受遗传与环境的影响。研究表明个体的遗传背景可影响食管癌的发病,而这种遗传背景的差异在人群中主要表现为单核苷酸多态性（SNPs）。端粒位于真核生物染色体末端,可保证每条染色体的完整性。端粒长度与多种疾病的发生息息相关。许多研究表明端粒长度受到基因的调控。本研究旨在探究陕西汉族人群中端粒长度及端粒长度相关基因多态性与食管癌发病的关系,为预测食管癌发病风险提供深刻的理论依据。研究方法:本研究采用病例对照的研究策略,研究对象均是2017年在西安交通大学第一附属医院收集的食管癌患病人群样本和同一时期同一医院的体检中心收集的健康对照人群样本。采用实时荧光定量PCR方法检测样本的相对端粒长度（RTL）,并通过Mann-Whitney U检验和多变量logistic回归分析的方法分析端粒长度与食管癌发病风险之间的关系。之后,通过数据库筛选了9个端粒长度相关基因上的44个SNPs位点,并采用Agena MassARRAY技术平台对这些基因上的44个SNPs位点进行分型。通过卡方检验、logistic回归分析来评估陕西汉族人群中端粒长度相关基因多态性与食管癌易感性的关联。研究结果:1.端粒长度与食管癌风险的关联分析:分析结果显示:病例组的RTL较对照组的RTL长,且较长的RTL与较短的RTL均可增加食管癌的发病风险。2.端粒长度相关基因多态性与食管癌遗传易感性的关联分析:（1）等位基因模型分析结果显示:TERT基因上的rs10069690,rs2242652和rs2853676位点与增加食管癌的发病风险相关;（2）遗传模型分析结果显示:ACYP2（rs12615793,rs11896604和rs17045754）,TERT（rs10069690,rs2242652和rs2853676）与ZNF208（rs2188972,rs2188971,rs8103163和rs7248488）均与增加食管癌的发病风险相关。（3）单体型分析结果显示:ACYP2基因上的SNPs位点构成的单体型“TTCTATG”与增加食管癌的发病风险显着相关。TERT基因上由SNPs位点构成的单体型“TA”和“TG”以及ZNF208基因上由SNPs位点构成的单体型“ATAA”均与增加食管癌的发病风险显着相关。（4）UALCAN数据库检索结果显示:ACYP2、TERT和ZNF208基因的表达在癌组织和癌旁组织中以及不同特征人群中的表达也存在一定的差异,基因的高表达与低表达对患者生存率的影响也是不同的。研究结论:本研究结果表明:端粒相关基因的遗传变异以及相对端粒长度与食管癌的发病风险相关。
王晶东[7]（2019）在《DNMT3A/3B基因启动子区多态性位点与肺癌和胃癌易感性的研究》文中指出癌症是未来人类必须要攻克的医学难关。中国由于经济发展起步比较迟,大部分人的生活水平提升较慢,加之生活和工作压力较大,所以人们的健康意识普遍比较薄弱,对于癌症等重大疾病的预防意识和关注度不够高。肺癌和胃癌都是国内发生率和死亡率非常高的癌症类型。大部分患者在确诊为肺癌或胃癌的时候,肿瘤已经处于晚期阶段,缺少有效的手段对其进行治疗,而且5年生存率很低。因此,寻找有效的标记物对肺癌和胃癌进行早期筛查和预防是十分有必要的。表观遗传调控近些年来一直都是癌症领域研究的热点,DNA甲基化作为经典的表观遗传调控方式之一,在肿瘤的形成过程中起着重要作用。体内的DNA甲基化过程是由DNA甲基转移酶催化的,DNMT3A和DNMT3B是从头DNA甲基化酶,负责DNA甲基化模式的建立,DNMT1则负责维持DNA甲基化模式。研究表明DNMT3A和DNMT3B基因上的一些单核苷酸多态性位点与癌症的发生存在相关性,但是并没有研究报道DNMT3A rs1550117位点和DNMT3B rs2424913以及rs1569686位点与湖北地区胃癌和肺癌发病风险之间的关联。因此,本研究基于医院,共选取1798例正常人,600例非小细胞肺癌患者,550例肺癌患者以及460例胃癌患者作为样本,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism,PCR-RFLP）方法对所有样本进行基因分型,并对部分样本进行直接测序分型验证,然后对rs1550117、rs2424913和rs1569686的多态性与癌症发生的相关性进行统计检验,进而评估其与肺癌和胃癌的发病风险的关联。接着搜集了国内外关于研究这三个SNP位点与癌症相关性的文献,进行了荟萃分析。结果表明,DNMT3A rs1550117 G等位基因显着与非小细胞肺癌的高发病风险相关（P=0.001,OR=1.36,95%CI=1.18-1.71）,并且在三种遗传模型中都显示出显着差异（GG vs GA,P=0.010,OR=1.33,95%CI=1.06–1.71;GG vs AA,P=0.032,OR=1.95,95%CI=1.03–3.60;GG vs GA+AA,P=0.002,OR=1.39,95%CI=1.15–1.80）。DNMT3B rs1569686 T等位基因与胃癌发病的高风险显着相关（P=0.001,OR=1.58,95%CI=1.22-2.04）,这也可以由TT vs TG（P=0.001,OR=1.62,95%CI=1.22-2.17）和TT vs TG+GG（P=0.001,OR=1.65,95%=1.25-2.19）这两种模型的分析结果证实。但是rs1569686位点与肺癌的发生之间没有显着相关性,同样地rs2424913位点与肺癌和胃癌的发生之间均无显着相关性。另外,单倍型分析结果显示rs2424913 T/rs1569686 T单倍型与患胃癌的风险增加相关（P=0.006,OR=1.40,95%CI=1.10-1.77）。随后的荟萃分析结果表明,rs1550117位点与胃癌和肝细胞癌的发病风险之间没有显着关联,但是与结直肠癌的低发病风险显着相关G vs A[OR（95%CI）=0.70（0.55-0.90）,P=0.005]。DNMT3B rs2424913和rs1569686的荟萃分析结果与本研究一致,依然只在rs1569686与胃癌的高风险之间发现存在显着相关性。总的来说,本论文是第一篇提出湖北人群中DNMT3A rs1550117与非小细胞肺癌风险相关以及DNMT3B rs1569686与胃癌风险相关的研究。本研究结果提示rs1550117和rs1569686可以作为生物分子标记分别来帮助非小细胞肺癌和胃癌的早期筛查以及预防。
王阳[8]（2014）在《编码nAChR亚基基因的多态性分布对肺、食管癌发生、发展及吸烟行为影响的实验研究》文中研究说明研究背景和目的食管癌是一种全球常见的恶性消化道肿瘤。据国际癌症研究中心（IARC）数据统计,在2008年,全世界食管癌新发病人数为482300例,是全球最常见的八大恶性肿瘤之一：食管癌死亡人数是406800例,是世界六大致死性肿瘤之一。我国是食管癌的高发地区,其死亡率排在肺癌、胃癌和肝癌之后,位居我国所有恶性肿瘤第四位。食管癌主要有鳞状细胞癌和腺癌两种病理类型,在世界范围内,食管鳞状细胞癌的发病率略高于腺癌。其中,腺癌主要发病于欧洲裔白人居住地区,而在包括我国在内的东亚国家,食管癌主要以鳞状细胞癌为主。食管鳞癌的发病机制复杂,目前尚未完全了解,但流行病学和临床研究已证实吸烟和饮酒是导致食管鳞癌发病的最重要的环境因素。国际癌症研究中心归类烟草和酒精为Ⅰ类致癌物,即那些有足够证据证明其致癌性的物质。烟草、酒精作为食管鳞癌的致癌物质可以在人体内被代谢,而体内与烟草和酒精等致癌物质相关的基因由于存在基因多态性,导致其可能对食管鳞癌的发病产生重要作用,从而成为影响食管鳞癌发病的重要遗传因素。2009年,Cui等对日本食管鳞癌病人进行全基因组范围的肿瘤相关基因的鉴定研究（GWAS）,发现位于乙醇脱氢酶基因1B （ADHIB）和乙醛脱氢酶基因2（ALDH2）上的基因多态性可以影响食管癌的发生,而乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶便是参与酒精代谢的两种重要的酶。基因多态性是指在一个生物群体中,同时存在的两种或两种以上不连续的变异型、基因型或者等位基因。根据对基因多态性研究的顺序,通常可以将其分为三类,分别是限制性片段长度的多态性（RFLP）、DNA重复序列的多态性（RSP）和单核苷酸多态性（SNP）。这三类基因多态性均可以反映个体遗传病的易感性差异,为遗传相关疾病的研究和临床诊断提供帮助。目前,SNP,即在基因组内由于单个核苷酸——A、T、C或G的改变而形成的基因多态性,由于具有分布密度高、稳定性好、分型检测易于操作等优势,在遗传疾病的基因鉴定方面发挥重要作用。尼古丁乙酰胆碱受体（nAChR）属于配体门控的离子通道蛋白超家族,它可以被乙酰胆碱、胆碱和尼古丁等物质活化。nAChR同时具有参与亚硝胺和尼古丁调节的能力。一方面,亚硝胺是烟草导致多种吸烟相关肿瘤发生的重要致癌物质,现已证实与nAChR高亲和力的亚硝胺NNN参与人类食管鳞癌的发病过程；另一方面,烟草中的尼古丁是吸烟成瘾的物质基础,可以启动与吸烟消耗和吸烟成瘾性相关的心理和神经生物学作用。此外,nAChR通路还被认为同肿瘤细胞的增殖、凋亡、生存、迁移、侵袭和血管生成有关,这导致其可能影响癌症病人的疾病发展。因此,nAChR可能同时具有影响肿瘤发生、发展及吸烟者吸烟行为的作用。CHRNA5-CHRNA3-CHRNB4（CHRNA5-A3-B4）是编码nAChR α5、α3和β4亚基的一组基因簇。最近,在筛选肺癌易感基因的全基因组关联研究中发现,位于CHRNA5-A3-B4基因簇上的多个SNP位点的分布同欧洲裔白人肺癌发生风险相关,此外,其还可以影响吸烟人群的尼古丁依赖性、每天吸烟支数（CPD）和包年（pack-year）等吸烟行为。然而,通过对HapMap数据库进行检索发现,这些SNP位点在亚洲人群中变异率极低,即使它能够影响肺癌的发生,但是其作用远远小于在欧洲裔白人肺癌患者中的作用。随后,我国学者对该基因簇的多态性位点进行广泛筛选,发现位于CHRNA5-A3-B4基因簇上的rs667282和rs3743073位点可以影响我国肺癌的发生。本实验通过病例对照研究观察rs667282和rs3743073多态性位点基因型在食管鳞癌病例组和健康对照组的分布差异,分析CHRNA5-A3-B4基因多态性对于食管鳞癌发生的影响,并同时探讨CHRNA5-A3-B4基因多态性与食管鳞癌发展的关系及对吸烟者吸烟行为的影响。材料与方法研究对象为食管鳞癌患者866人和健康对照组人群952人,所有研究对象之间无血缘关系,祖籍均为山东省,汉族。病例组人群收集自山东大学齐鲁医院、山东省肿瘤防治研究院和山东大学第二医院,均为病理组织学确诊的原发性食管鳞状细胞癌；对照组收集自山东大学齐鲁医院健康查体中心,排除恶性肿瘤病史。收集所有研究对象的血液标本后提取基因组DNA。由统一培训的医务人员或医学院在读研究生进行面对面的访谈进行资料采集,并填写统一的调查问卷,问卷内容主要包括参与者的年龄、性别、是否饮酒、是否吸烟、吸烟时间和每日吸烟支数等问题。通过TaqMan探针成功分型SNP位点rs667282和rs3743073,测序验证分型的准确性。使用多元logistic回归模型分别分析2个SNP位点的基因型在食管鳞癌病例组和健康对照组的差异,研究CHRNA5-A3-B4基因多态性对食管鳞癌发生的影响：使用卡方检验分析SNP位点的基因型同食管鳞癌组织学分级和临床分期的相关性,探讨CHRNA5-A3-B4基因多态性对食管鳞癌发展的影响；使用Kruskal-Wallis检验分析rs667282及rs3743073位点的基因型在吸烟人群的每天吸烟支数和包年等吸烟行为方面的不同,探讨CHRNA5-A3-B4基因多态性对吸烟行为的影响。结果（1） CHRNA5-A3-B4基因多态性对食管鳞癌发生的影响Rs667282位点的基因型频率分布在对照组和病例组人群差异明显,其TT和TC基因型在病例组的频率明显高于对照组,而rs3743073位点的基因型频率分布并没有存在这种差异。通过多元Logistic回归校正对食管鳞癌发生有影响的混杂因素,发现rs667282位点的TT/TC基因型与食管鳞癌的发生显着相关（OR=1.32[1.03-1.69], P=0.029）,提示CHRNA5-A3-B4基因簇rs667282位点的T等位基因是食管鳞癌发生的独立风险因素。而rs3743073位点则没有显示出与食管鳞癌发生存在明显关联（P>0.05）。根据不同的年龄、性别、吸烟、饮酒情况,对rs667282位点与食管鳞癌发生的相关性进行分层分析,发现rs667282TT/TC基因型对食管鳞癌发生的影响在年轻人群中（≤60岁）更为明显（OR=1.44[1.04-1.98],P=0.024）。（2） CHRNA5-A3-B4基因多态性对食管鳞癌发展的影响rs667282位点的TT/TC基因型与食管鳞癌的临床分期存在临界统计学意义的相关性（OR=1.30[0.78-1.85],P=0.137）,但与组织学分级的关系无统计学意义。本次研究未发现rs3743073位点与食管鳞癌病人组织学分级或临床分期存在相关性。（3） CHRNA5-A3-B4基因多态性对吸烟行为的影响rs667282TT/TC基因型的吸烟者每天吸烟支数的均值是23.1[22.3-24.0],包年数的均值是36.3[34.7-47.8],均高于rs667282CC基因型吸烟者的每天吸烟支数均值21.5[19.9-23.2]和包年数均值34.6[31.6-37.6],但是差异尚无统计学意义（P>0.05）。rs3743073GG/TG基因型的吸烟者每天吸烟支数的均值是23.1[22.2-24.0],包年数的均值是36.0[34.4-37.5],相比于rs3743073TT基因型吸烟者的每天吸烟支数均值22.0[20.6-23.2]和包年数均值35.7[32.9-38.4]无明显差异。结论CHRNA5-A3-B4rs667282位点的TT/TC基因型是食管鳞癌的发生的危险因素,其与食管鳞癌的临床分期可能也有一定关联。而CHRNA5-A3-B4基因簇对我国吸烟人群吸烟行为的影响可能需要进一步研究。研究目的肺癌是全球最常见的致死性癌症之一。2008年,全世界约有160万新发肺癌患者,另外大概140万人因肺癌而死亡。非小细胞肺癌（NSCLC）患者人数约占所有原发性肺癌患者人数的80%,而多数NSCLC患者在确诊时便已达晚期（Ⅲ期或Ⅳ期）。即便接受放疗和化疗,晚期NSCLC患者的预后情况依旧很不理想,5年生存率甚至不足15%。过去一般基于肺癌患者的吸烟状态、机体表现（PS）评分和TNM分期等临床情况评估患者预后情况。最近大量研究显示遗传因素也与晚期肺癌患者的生存时间密切相关。尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）是影响肺癌发生和发展的重要因素。全基因组关联研究发现编码nAChR亚基的两组基因簇（CHRNA5-A3-B4和CHRNB3-A6）上的多态性位点同肺癌的发生显着相关。本实验希望进一步研究这两组基因簇上的多态性位点同晚期NSCLC生存时间的关系,以探讨它们对肺癌发展的影响。研究方法本次研究共收集165名ⅢB期及Ⅳ期NSCLC患者,采集所有患者临床病理资料及生存资料。本次研究中NSCLC患者的总生存期（OS）被定义为从完成第一次治疗的时间至最后一次随访或患者死亡（无论任何原因）的时间。通过Taqman探针分型位于CHRNA5-A3-B4基因簇的rs667282和rs3743073位点及位于CHRNB3-A6基因簇的rs13280604位点。使用Kaplan-Meier法绘制生存曲线图,通过log-rank检验比较不同生存曲线间的差异；使用Cox回归模型校正影响肺癌患者生存的混杂因素,计算风险比（HR）来评估各SNP位点风险基因型对晚期NSCLC患者生存的影响。研究结果携带CHRNA5-A3-B4rs667282TT/TC基因型患者中位总生存期为11.7个月,明显短于携带rs667282CC基因型患者的18.2个月（log-rank P=0.043）.多变量Cox回归分析发现rs667282TT/TC基因型是影响肺癌生存时间的独立风险因素（HR=1.64[1.03-2.61],P=0.038）.本次研究未发现rs3743073和rs13280604位点的基因型分布同晚期NSCLC患者的总生存期存在联系。NSCLC患者的3个SNP位点基因型频率分布在不同的年龄、性别、吸烟状态、EGOG PS评分、组织学类型、临床分期和治疗方式等方面均无明显差异。研究结论CHRNA5-A3-B4rs667282位点的多态性分布可以影响晚期NSCLC的预后情况,而CHRNA5-A3-B4rs3743073位点和CHRNB3-A6rs13280604位点同晚期NSCLC预后的关系需要进一步研究。
莫赛军,柯少瑞,张佳彤,杨胜利[9]（2013）在《中国汉族人群食管癌遗传易感基因多态性的研究进展》文中研究表明食管鳞癌（esophageal squamous cell carcinoma,ESCC）是我国常见的恶性肿瘤之一,其易感基因的遗传多态性是影响个体食管癌易感性的重要因素.中国汉族人群食管癌遗传易感基因主要包括代谢酶相关基因、DNA切除修复相关基因、相关的抑癌基因、癌基因和细胞因子基因等.本文主要对近年研究的中国汉族人群食管鳞癌易感相关的抑癌基因、癌基因及细胞因子等进行总结和分析.结果表明上述ESCC遗传易感基因的多态基因型在中国汉族人群中具有明显的地域分布,这为食管癌的区域诊断、监测及早期筛查提供了重要的理论基础.
袁翎[10]（2011）在《食管癌预后和单核苷酸多态性的关系》文中研究指明1.研究背景食管癌是世界上最常见的六大恶性肿瘤之一,其发病率位于全世界恶性肿瘤发病率的第八位,死亡率居全球癌症死亡率的第六位。我国是世界上食管癌发病率和死亡率最高的国家,在中国最常见的十大恶性肿瘤死亡率中,食管癌占第四位。中国每年食管癌发病和死亡人数占全世界的一半以上食管癌预后很差,中晚期食管癌的自然生存7-8个月,治疗后的生存情况也很不令人满意,5年生存率在20%左右,虽然治疗方式有了很大的改进,然而其5年生存率几十年来未见明显提高。“三早”工作已引起普遍重视,但食管癌患者就诊时80-90%属中晚期是目前的现实,提高这一大组病人的生存自然也就成为了改善食管癌肿瘤防治现状的一个决定性环节。中晚期患者生存普遍较差,但其中经治疗干预后仍有20%能长期生存,这就提出了一个科学问题,是什么原因造成了相似人群,却有不同的预后?无论在发病机制、自然生存、临床预后等方面,食管癌都呈现出明显的个体化特征。是环境因素的作用,还是先天遗传的差异?比较一致的看法是遗传和环境相互影响共同作用的结果,但二者的作用,孰轻孰重,以及所占比重尚不完全清楚。预后研究历来都是广大科研和医务工作者关注的焦点,寻找预后的内在机制、建立预后客观的评价体系,进而能够对预后风险及早进行干预,对改善患者的生存、延长病人的生命,具有现实而重要的意义。既往的研究多集中在外界环境、表观症状、临床病理特征等相关因素和预后的关系,如TNM分期、生活习惯、生存环境、治疗方式等。已取得了一些共识和成果,但还存在很多的争议和疑问,离临床实际工作要求尚有很大距离,足可见该问题的复杂性。“所有医学都是遗传学”,任何疾病的发生、发展、转归及临床表型的背后都需要一定的遗传物质基础来支配。随着分子生物学和遗传学的发展,分子检测、基因筛选等成为了现实,人们在注意多种临床表观现象研究的同时,也更加重视这些现象背后的分子机制、遗传背景。基因和疾病的关系成为目前研究的热点,并取得了可喜的成果,如癌基因、抑癌基因、药物敏感基因、预后基因等等。预后因素的研究也进入到了一个新的领域,深入到了细胞甚至蛋白、基因等水平。食管癌是一种复杂疾病,又称多基因病或多因子病。目前,人类基因组计划的完成和单核苷酸多态的单体型图谱构建完成（HapMap计划）,为肿瘤的遗传分子基础研究提供了大量的数据支持。同时,经济、高效大通量基因分型技术,在一个反应内可同时检测到几万、几十万个SNPs（单核苷酸多态性）位点成为可能,即全基因组关联分析技术（Genome-wide Associate Study, GWAS）。本项目组运用GWAS技术发现了18个和食管癌密切相关的SNPs位点,在此基础上,将18个SNPs位点及其相关的基因和食管癌预后联系起来,对食管癌预后的分子机制进行研究。与以往有关食管癌预后分子机制方面的研究相比,本研究具有以下特点：1.检测的SNPs位点多。18个SNPs位点是本项目组利用GWAS技术对中国汉族1077食管癌病例和1733正常对照的506,666个位点中筛选发现的。和既往只限于个别基因和预后关系的研究相比,其覆盖面广、代表性强,具有更明显的种族特色和针对性。2.样本量大,临床病理资料全,进入观察项目多。首先从9703病例中随访出有明确生存期的病人共有2290例,然后从21个预后相关项目中选择了13个常见的临床病理因素进行分析。3.临床和基础相结合。预后看似个临床问题,其背后隐藏着复杂的分子生物学机制,把预后及相关临床病理因素和单核苷酸多态性研究相结合,既注重临床表型,又注重分子机制探讨。4.流调工作和实验室验证相结合。把经过流调和统计分析后得到的食管癌预后相关基因在癌组织中进行蛋白表达检测,在分子水平验证基因对预后的影响。初步进行了基因的功能研究。5.具有良好的前期工作基础。易感基因对肿瘤发生的作用和对肿瘤的进展、预后作用具有一致性,二者具有相似的生物学基础和研究方法。本次研究是本项目组“食管癌易感基因GWAS研究”的一个延伸,GWAS前期工作结果已发表在了Nature Genetics杂志上。综上观点,本论文将分为三大部分：第一部分：食管癌预后和临床表型的关系；第二部分：食管癌预后及相关表型和单核苷酸多态性的关系；第三部分：预后相关基因在食管癌组织中的不同表达。2.材料及方法2.1研究对象2.1.1研究对象入选标准本研究主要是对病人进行生存分析,入选标准如下：1)全部研究对象均为中国汉族人群；2)均经手术治疗,排除放化疗因素的干扰；3)有相关的临床病理资料（TNM分期、大体类型、食管癌部位、分化程度、浸润程度、淋巴结转移、血型等）；4)家庭住址或电话登记详细并能随访到患者本人或家属；5)登记有详细的病案号和病理号,有完整的病史资料。6)所有研究对象之间均无亲缘关系。本研究共调查食管癌患者9703例,部分来自医院住院患者,部分来自新农合患者,经上述标准严格筛选后,通过电话和家访等形式共随访6793例,得到随访资料齐全并且是经过手术治疗的病例2290例,随访截止日期为2011年3月1同。所有患者未接受任何放疗和化疗。为了排除由于患者在不同地区或者医院就诊可能引起的重复调查,调查时保证每个家庭只有一位先证者。2.1.2研究对象一般情况本次研究系观察生存期及相关因素,所以所统计资料均来源于有明确生存期的2290例患者。其中男性1447例,年龄最小22岁,最大81岁,平均年龄54.69±8.746岁；女性843例,年龄最小29岁,最大86岁,平均年龄54.31±8.478。2.1.3研究对象病理学诊断由至少两名病理科医师确诊,全部符合食管鳞癌的标准。并采用到医院查阅病历的方式,追踪到有完整的临床TNM分期、淋巴结转移、浸润程度、分化程度、肿瘤类型、食管癌病变部位、血型、手术方式并有明确的手术日期等记录。2.2流行病学调查本研究主要采用问卷调查的方式,调查内容主要包括：一般情况（年龄、性别、籍贯等）,食管癌肿瘤家族史,初次诊断时间及治疗方式等。回顾性调查病人既往住院病历档案,补充患者的食管癌临床病理资料（食管癌部位,大体类型、分化程度,浸润程度和淋巴结转移等）。然后80%采用电话追踪随访和20%的家访完成生存期随访,随访周期为3个月,随访截止时间为2011年3月。所有调查员均经过严格培训,问卷标准统一。2.3 18个SNPs位点基因分型采用Qiagen DNA试剂盒提取血样中DNA,测浓度,电泳,标化至15-20ng/μl,根据本研究团队在前期利用GWAS技术对内镜和病理确诊的1077食管癌病例和1733正常对照做了506,666个SNPs位点全扫,发现和食管癌密切相关的18个SNPs位点,然后进行引物设计,用Sequenom MassArray技术对472例有完整随访资料的患者在18个SNPs位点进行基因分型,经过人群吻合度检验,观察值和预期值符合Hardy-Weinberg平衡,具有人群代表性。然后通过官方HapMap网站或NCBI网站查询18个SNPs位点所在的染色体及所对应的基因,如rs12263737和rs2274223位点对应于PLCE1基因、rs6140125和rs13042395位点对应于C20orf54基因等。2.4免疫组织化学69例食管癌手术切除标本来自各个医院,其中浸润程度达到固有层、粘膜下层和浅肌层者25例、达到纤维膜或邻近器官者44例,所有患者术前未接受任何放、化疗,并均经组织学证实为食管鳞癌。其中,28例有完整的临床随访资料,并且69例组织均有对应患者的18个SNPs位点的分型。免疫组织化学实验方法采用卵白素-生物素-辣根过氧化氢酶复合物（ABC）法完成。采用本实验室已建立的ABC法,进行定性和定量分析。2.5统计学分析采用SPSS17.0统计软件分析,Cox-regression分析判断影响食管癌患者预后的年龄、性别、家族史、高低发区、食管癌部位、大体类型、病理分化程度、淋巴结转移、TNM分期等临床因素,用Hardy-Weinberg平衡检验18个SNPs位点的人群吻合度,Cox回归、Kaplan-Meier和Log-rank检验分析18个SNPs位点与生存的关系,卡方检验比较18个SNPs位点在不同的临床表型中的遗传差别和免疫组化结果,检验标准取α=0.05。3结果3.1食管癌患者临床表型和预后的关系3.1.1年龄分布与生存时间总体之间无统计学差异（Log-rank P=0.061）。但Cox回归分析结果显示65岁以上年龄组患者较35岁（包括35岁）以下年龄组死亡风险降低了45.7%（HR=0.643）,同时差异达到统计学意义（P=0.023）。男、女生存时间没有明显差异（Log-rank P=0.104）,男性患者较女性患者死亡风险增加（HR=1.078）,但是差异未达到统计学意义（P＝0.137）。3.1.2三种不同的好发部位在总体生存时间上差异并无统计学意义（Log-rankP＝0.342）。食管中段癌较下段癌死亡风险增加（HR=2.691）,但差异未达到统计学意义（P=0.098）；食管上段癌较下段癌死亡风险增加（HR=2.008）,差异有统计学意义（P=0.045）。3.1.3食管癌总体生存在四种大体形态之间无统计学差异（Log-rank P=0.114）,蕈伞型、溃疡型、髓质型较缩窄型死亡风险均降低（HR=0.588；HR=0.65；HR=0.838）,)但差异只有溃疡型有统计学意义（P=0.05）。3.1.4各种分化程度的患者生存时间无显着性差异（Log-rank P=0.542）。中分化和低分化患者较高分化患者死亡风险均增加（HR=1.762；HR=1.413）,但是差异均未达到统计学意义（P=0.277；P=0.204）。3.1.5早、中、晚期患者之间生存上存在显着的差异（Log-rank P=0.000）,中、晚期患者较早期患者死亡风险增加（HR=1.702；HR=2.154）,晚期患者与早期之间死亡风险差异有显着性统计学意义（P=0.004）。3.1.6浸润程度达到肌层和纤维膜层的患者较粘膜层的患者生存时间较短（Log-rank P=0.028）。并且浸润程度达到肌层和纤维膜层的患者较粘膜层得患者死亡风险增加（HR=1.676；HR=1.752）,且纤维膜层与粘膜层之间死亡风险差异有统计学意义（P=0.016）。3.1.7无淋巴结转移的患者较有淋巴结转移的患者生存时间长（Log-rank P=0.000）,Cox回归分析结果显示有淋巴结转移的患者较无淋巴结转移的患者死亡风险增加（HR=2.159）,差异有显着性统计学意义（P=0.000）。3.1.8高发区患者生存时间优于中高发区,中高发区患者生存期优于低发区患者（Log-rank P=0.003）, Cox回归结果显示,高发区患者死亡风险较低发区患者有所下降（HR=0.647）,且差异有显着性统计学意义（P=0.001）。3.1.9食管癌家族史阳性的患者生存时间优于食管癌家族史阴性的患者（Log-rankP=1.18E-06）,Cox回归结果显示,食管癌家族史阳性的患者死亡风险较食管癌家族史阴性的患者低（HR=0.64）,差异有统计学意义（P=2.53E-06）。3.1.10手术年代分布与患者的生存时间之间存在统计学差异（Log-rankP=3.49E-52）。手术方式与患者的生存时间之间也存在统计学差异（Log-rankP=2.31E-21）。90年代、2000年及以后两组死亡风险较70年代手术的患者均降低（HR=0.666；HR=0.432）,差异均有统计学意义（P=6.52E-1和P=2.85E-2）,弓下吻合和颈部吻合较弓上吻合的死亡风险均降低（HR=0.943；HR=0.814）,且颈部吻合与弓上吻合之间死亡风险差异有统计学意义（P=0.046）。3.1.11不同血型分布与患者的生存时间之间不存在统计学差异（Log-rankP=0.329）；Cox回归分析发现：B型、O型两组死亡风险和A型的患者基本相似。（HR=0.988和HR=0.967）,差异均无统计学意义（P=0.882和P=0.692）。3.2食管癌预后和18个SNPs位点基因型的关系3.2.1 AHDC1基因rs4908343位点A>G基因型分布中,与突变纯合基因型GG携带者相比,野生纯合基因型AA携带者死亡风险降低（HR=0.54,95%CI=0.30-0.99）。与携带AA/GA基因型者相比,GG基因型携带者生存时间较短（Log-rank P=0.048）3.2.2 PPP1R14A基因rs8102476位点T>C基因型分布的三种基因型携带者,携带TT和TC基因型的患者生存时间较短（Log-rank P=0.043）3.3食管癌临床表型和18个SNPs位点基因型的关系3.3.1 C20orf54基因rs6140125位点C>A基因型分布在食管癌不同的浸润程度（粘膜层、肌层、纤维膜）之间有统计学差异（P=0.007）。3.3.2 IRX1基因rs11134032位点T>C基因型分布与食管癌发生部位有统计学差异（P=0.014）。3.3.3 PPP1R14A基因rs8102476位点T>C基因型分布与食管癌淋巴结转移有统计学差异（P=0.037）。3.3.4 PES1基因rs5753220位点C>T基因型分布与临床分期有统计学差异（P=0.033）,且与淋巴结转移也有差异（P=0.044）。3·4食管癌预后和基因多态性的分层分析为控制潜在混杂因素对基因多态性和预后的影响,我们分别以年龄、性别、食管癌发生部位、大体类型、临床分期及浸润程度和淋巴结转移等为分层变量进行SNPs和预后关系的分层分析,结果如下：3.4.1 AHDC1基因rs4908343A>G多态性改变分层后发现在男性患者组、家族史阴性组、食管癌晚期组、淋巴结转移阳性组中,与携带AA/GA基因型者相比,携带GG基因型者的死亡风险增加（HR=1.90; HR=1.85; HR=2.43; HR=2.66）3.4.2 PES1基因多态性rs5753220C>T多态性改变分层后发现在高分化组、淋巴结转移阴性组中,,与携带TC/CC基因型者相比,携带TT基因型者死亡风险增加（HR=131.96；HR=1.98）3.5食管癌预后和基因多态性的联合分析将三个和预后相关的基因AHDC1基因rs4908343A>G、PPP1R14A基因rs8102476T>C和PES1基因rs5753220C>T位点基因多态性联合分析,发现携带预后不良基因型个数的增加,其死亡风险也增大（Log-rank P=0.01）,趋势性P=-0.012。3.6免疫组织化学结果C20orf54和食管癌易感有关。预后分析中发现C20orf54与食管癌的浸润深度有关联,所以进行了该基因在食管组织中表达的验证。C20orf54蛋白阳性表达部位主要在胞浆,食管癌组织阳性表达率为87%,但是阳性表达率和组织浸润程度、基因型及预后无关。4.结论4.1食管癌预后和临床分期、浸润程度、淋巴结转移、高/低发区、食管癌家族史、手术年代及手术方式有统计学相关。4.2 AHDC1基因rs4908343A>G、PPP1R14A基因rs8102476T>C位点的基因多态性和食管癌预后相关；食管癌分层后PES1基因rs5753220C>T位点的多态性在高分化或者淋巴结阴性组和食管癌预后风险相关。携带危险基因型数目越多,死亡风险也随之增大。4.3 C20orf54基因rs6140125位点、IRX1基因rs11134032位点、PPP1R14A基因rs8102476位点和PES1基因rs5753220位点基因多态性与食管癌临床表型相关。4.4 C20orf54基因蛋白表达在食管癌组织中较强,但是表达率和肿瘤组织浸润程度、基因型分布及预后无关。
二、陕西汉族人群和食管癌患者Rb基因的多态性（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、陕西汉族人群和食管癌患者Rb基因的多态性（论文提纲范文）
（1）陕西汉族非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关性及MIR17HG与其microRNAs在结直肠癌中的作用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 结直肠癌(CRC)简述 |
| 1.2 microRNAs与CRC关系 |
| 1.3 LncRNAs与CRC关系 |
| 1.4 结直肠癌的早筛 |
| 1.4.1 目前用于平均风险人群的CRC筛查主要包括以下方法 |
| 1.4.2 microRNAs可作为肿瘤的早期筛查指标 |
| 1.5 MIR17HG及其在结直肠癌中的作用 |
| 1.6 本课题的研究目标和意义 |
| 第二章 LncRNAs,miRNAs及GREM1基因多态性与中国陕西汉族结直肠癌风险的相关性研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 研究对象 |
| 2.2.2 主要仪器及试剂 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.2.4 统计分析方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 参与者的基本特征 |
| 2.3.2 HWE检验结果 |
| 2.3.3 等位基因分布及与CRC风险的关系 |
| 2.3.4 遗传模型下SNPs与CRC风险的关系 |
| 2.3.5 SNPs与CRC风险相关分层分析 |
| 2.3.6 SNPs与CRC临床特征相关性 |
| 2.3.7 单倍型与CRC风险的关系 |
| 2.3.8 多个SNPs交互作用的MDR分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 MIR137HG和MIR577多态性与CRC的关系 |
| 2.4.2 MIR143HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.3 MIR3142HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.4 LINC-PINT多态性与CRC的关系 |
| 2.4.5 MIR124-1HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.6 MIR608多态性与CRC的关系 |
| 2.4.7 H19和MIR675多态性与CRC的关系 |
| 2.4.8 MIR192、MIR618和MIR492多态性与CRC的关系 |
| 2.4.9 MIR17HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.10 GREM1 多态性与CRC的关系 |
| 2.4.11 MIR497HG、MIR423和MIR133A1HG多态性与CRC的关系 |
| 2.5 结论 |
| 第三章 MIR17HG及其编码的micro RNAs在结直肠癌中的表达及临床信息关联的生物信息学分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 研究对象 |
| 3.2.2 研究方法 |
| 3.2.3 统计方法 |
| 3.3 研究结果 |
| 3.3.1 MIR17HG的泛癌分析 |
| 3.3.2 MIR17HG在结直肠癌中的表达与临床预后分析 |
| 3.3.3 miR-17-92a簇在结直肠癌与癌旁正常组织中的表达及临床预后分析 |
| 3.3.4 miR-17-92a簇在结直肠癌病例与健康对照,病例不同分期中血清中的表达及预后分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 miR-17-92a簇在大多数肿瘤及CRC中高表达 |
| 3.4.2 miR-17-92a簇的microRNAs在大多数肿瘤及结直肠癌组织中高表达 |
| 3.4.3 miR-17-92a簇的microRNAs在CRC病例血清中高表达 |
| 3.5 结论 |
| 第四章 miR-17-92簇在结直肠癌病例与健康人群血清中的表达分析及诊断作用 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 研究对象 |
| 4.2.2 主要仪器和试剂 |
| 4.2.3 实验方法 |
| 4.2.4 统计学方法 |
| 4.3 研究结果 |
| 4.3.1 研究对象基本特征 |
| 4.3.2 病例组与对照组血清学指标 |
| 4.3.3 血清中microRNA的相对表达量 |
| 4.3.4 CEA、AFP、hsa-miR-18a-5p、hsa-miR-92a-1诊断结直肠癌的ROC曲线 |
| 4.3.5 CEA、AFP、hsa-miR-18a-5p联合诊断结直肠癌的ROC曲线 |
| 4.3.6 各指标与结直肠癌分期的相关性分析 |
| 4.3.7 hsa-miR-18a-5p、CEA对早期结直肠的诊断的ROC曲线 |
| 4.3.8 各指标区分早晚结直肠癌的ROC曲线 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 糖蛋白癌胚抗原和甲胎蛋白 |
| 4.4.2 miR-17-92a簇作为血清肿瘤诊断标志物的应用 |
| 4.4.3 hsa-miR-18a-5p作为血清肿瘤诊断标志物的应用 |
| 4.5 结论 |
| 第五章 hsa-miR-18a-5p对结直肠癌细胞生物学功能的影响及候选靶基因分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 研究方法 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 主要仪器及试剂 |
| 5.2.3 实验方法 |
| 5.2.4 统计方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 hsa-miR-18a-5p在结直肠癌细胞系中表达上调 |
| 5.3.2 结直肠癌细胞中hsa-miR-18a-5p干预效果 |
| 5.3.3 hsa-miR-18a-5p差异表达对结直肠癌细胞增殖的影响 |
| 5.3.4 hsa-miR-18a-5p差异表达对结直肠癌细胞克隆形成能力的影响 |
| 5.3.5 hsa-miR-18a-5p差异表达对结直肠癌细胞凋亡的影响 |
| 5.3.6 结直肠癌表达差异基因及功能注释 |
| 5.3.7 hsa-miR-18a-5p靶基因及其预后分析 |
| 5.3.8 关键靶基因分析 |
| 5.3.9 靶基因LIF与hsa-miR-18a-5p结合位点预测 |
| 5.3.10 Western Blot检测LIF与hsa-miR-18a-5p表达关系 |
| 5.3.11 LIF功能预测 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 hsa-miR-18a-5p促进肿瘤发生发展 |
| 5.4.2 hsa-miR-18a-5p抑制肿瘤发生发展 |
| 5.4.3 在不同发育阶段和不同组织学亚型的同一器官的癌症中已观察到hsa-miR-18a的相反作用 |
| 5.4.4 hsa-miR-18a-5p抑制结直肠癌的发生发展 |
| 5.5 结论 |
| 结语和展望 |
| 参考文献 |
| 附录1:基因与泛癌的相关性 |
| 附录2:HCT116细胞鉴定证明 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间的科研成果 |
| 个人简历 |
（2）阳江高本底辐射地区居民IL-2、IL-2R基因表达水平和IL-2R基因多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 低剂量电离辐射 |
| 1.2 阳江天然放射高本底地区的人群流行病学研究概况 |
| 1.3 阳江高本底地区免疫功能研究 |
| 1.4 IL-2、IL-2R生物学作用及阳江高本底地区IL-2 相关研究现状 |
| 1.5 本研究目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 调查对象 |
| 2.1.1 调查点和人群选择 |
| 2.1.2 调查对象选择 |
| 2.1.3 问卷调查和暴露水平评估 |
| 2.2 材料 |
| 2.2.1 主要仪器 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.2.3 主要溶液配制 |
| 2.3 主要操作 |
| 2.3.1 RNA提取 |
| 2.3.2 cDNA合成 |
| 2.3.3 实时荧光定量PCR(RT- PCR) |
| 2.3.4 DNA提取 |
| 2.3.5 SNP的选择 |
| 2.3.6 SNP检测 |
| 2.3.7 模板DNA扩增及引物鉴定(琼脂糖凝胶电泳) |
| 2.4 统计分析 |
| 2.4.1 数据库建立 |
| 2.4.2 数据分析 |
| 2.5 质量控制 |
| 2.5.1 研究设计阶段 |
| 2.5.2 资料、样品收集阶段 |
| 2.5.3 实验室检测阶段 |
| 2.5.4 数据分析阶段 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 阳江、恩平地区环境与居民健康问卷调查结果 |
| 3.1.1 两组人群一般情况比较 |
| 3.1.2 应激事件情况比较 |
| 3.1.3 吸烟、饮酒情况比较 |
| 3.1.4 饮食习惯比较 |
| 3.2 两地区居民年有效剂量的估算 |
| 3.3 实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测基因表达结果 |
| 3.3.1 细胞总RNA提取和质量检测 |
| 3.3.2 模板DNA和引物的扩增检测 |
| 3.3.3 实时荧光定量PCR检测 |
| 3.3.4 实时荧光定量PCR检测结果分析 |
| 3.3.5 各基因m RNA表达结果协方差分析 |
| 3.3.6 个人年有效剂量与IL-2、IL-2R基因表达水平的相关性分析 |
| 3.4 IL-2R基因多态性位点结果分析 |
| 3.4.1 细胞DNA提取和质量检测 |
| 3.4.2 研究对象代表性分析(Hardy-Weinberg平衡检验) |
| 3.4.3 等位基因和基因型分布检验 |
| 3.4.4 各SNP等位基因在不同人群中的分布比较 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 低剂量辐射下健康人群IL-2、IL-2R基因表达水平变化 |
| 4.2 低剂量电离辐射下人群IL-2R各亚基启动子区SNP分析 |
| 4.3 总结与展望 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 英文缩略语词汇表 |
| 综述 低剂量电离辐射诱导免疫功能改变的研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录一 知情同意书和调查表 |
| 附录二 个人剂量计回收登记表 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和参加的学术会议 |
| 一、硕士在读期间发表的论文 |
| 二、硕士在读期间参加的学术会议 |
（3）ALDH2和C12orf30基因多态性与新疆汉族、哈萨克族食管鳞癌的易感性及预后的相关研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 ALDH2 基因rs671、C12orf30 基因rs4767364 多态性在新疆汉族、哈萨克族ESCC中的分布情况 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 随访 |
| 1.5 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 新疆汉族、哈萨克族食管鳞癌ALDH2 基因、C12orf30 基因多态性与吸烟、饮酒及体重指数的相关性研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 ALDH2 基因、C12orf30 基因多态性与新疆汉族、哈萨克族ESCC放射敏感性的相关性研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 食管癌相关基因研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 新疆医科大学博士研究生学位论文导师评阅表 |
（4）基于炎性基因多态性的胃癌个体化风险评估（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 1 前言 |
| 2 材料方法 |
| 2.1 胃癌相关炎性基因单核苷酸多态性的Meta分析 |
| 2.1.1 文献的检索和收集 |
| 2.1.2 文献质量评价 |
| 2.1.3 统计学分析 |
| 2.2 炎性基因单核苷酸多态性与胃癌关联的实验验证 |
| 2.2.1 生物学实验 |
| 2.2.2 研究方法 |
| 2.2.3 统计学分析 |
| 2.2.4 质量控制 |
| 2.3 基于胃癌相关炎性基因多态性和环境危险因素的胃癌发生风险评估评分规则的建立及验证 |
| 2.3.1 风险评估评分规则的研究变量 |
| 2.3.2 风险评估模型及评分规则的构建、验证及评价 |
| 2.3.3 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 基于meta分析的炎性基因多态性与胃癌的关联研究及流行病学评价 |
| 3.1.1 入选文献研究的筛选流程 |
| 3.1.2 入选文献研究的基本特征 |
| 3.1.3 Meta分析合并效应值计算 |
| 3.1.4 异质性检验及假阳性率分析 |
| 3.1.5 流行病学评价 |
| 3.1.6 发表偏倚的检查 |
| 3.2 实验验证炎性多态性位点与胃癌易感性的关联 |
| 3.2.1 研究对象基本信息 |
| 3.2.2 炎性多态性位点分型结果 |
| 3.2.3 多态性位点哈温平衡检验 |
| 3.2.4 质量控制结果 |
| 3.2.5 炎性基因多态性位点与胃癌关联分析 |
| 3.2.6 炎性基因多态性与环境因素关联分析 |
| 3.2.7 炎性基因多态性位点与胃癌关联研究的分层分析 |
| 3.2.8 炎性基因多态性位点等位基因突变数目与胃癌的关联分析 |
| 3.3 基于胃癌相关炎性基因多态性和环境危险因素的胃癌发生风险评估评分规则的建立及验证 |
| 3.3.1 胃癌发生风险预测模型的构建 |
| 3.3.2 胃癌发生风险评估评分规则的建立及验证 |
| 4 讨论 |
| 4.1 胃癌相关炎性基因单核苷酸多态性的Meta分析 |
| 4.2 炎性基因单核苷酸多态性与胃癌关联的实验验证 |
| 4.3 风险评估评分规则的建立及初步验证 |
| 4.4 本研究优点及局限性 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 炎性相关基因单核苷酸多态性与胃癌的研究进展 |
| 参考文献 |
| 个人简历及学术论文发表情况 |
| 致谢 |
（5）胃癌危险因素的定量评估及发病风险预测模型构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 引言 |
| 第一部分 遗传和非遗传因素与胃癌的发病风险及流行病学评价 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 胃癌危险因素的检索 |
| 2.2 数据提取 |
| 2.3 积累证据的质量评估 |
| 2.4 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 定量系统评估文献识别 |
| 3.2 纳入研究基线特征 |
| 3.3 定量合并结果 |
| 3.4 危险因素的流行病学评价 |
| 4 讨论 |
| 4.1 非遗传因素 |
| 4.2 遗传因素 |
| 4.3 流行病学评价 |
| 4.4 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 基于多基因风险评分的胃癌风险预测模型构建 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 生物信息学筛选胃癌相关lncRNAs |
| 2.2 风险预测模型相关SNPs的选取 |
| 2.3 生物学实验 |
| 2.4 研究方法 |
| 2.5 胃癌风险预测模型的构建与评价 |
| 2.6 质量控制 |
| 2.7 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 研究对象的基线特征 |
| 3.2 基因分型结果 |
| 3.3 Hardy-Weinberg equilibrium检验 |
| 3.4 胃癌与遗传易感性关联 |
| 3.5 风险预测模型构建 |
| 3.6 风险模型的构建及评价 |
| 4 讨论 |
| 4.1 风险预测模型与肿瘤 |
| 4.2 遗传关联与胃癌 |
| 4.3 胃癌风险模型的构建 |
| 4.4 模型参数优化与拟合 |
| 4.5 拟合优度与模型评价 |
| 4.6 小结 |
| 创新性和局限性 |
| 创新性 |
| 局限性 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 1.1 13维危险因素组合程序 |
| 1.2 22维风险基因组合程序 |
| 1.3 PRS主程序 |
| 1.4 NRI和IDI程序 |
| 1.5 遗传和非遗传因素与胃癌的发病风险及流行病学评价纳入参考文献列表 |
| 参考文献 |
| 综述 多基因风险评分在肿瘤研究中的应用及进展 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（6）端粒长度及端粒相关基因与陕西汉族人群食管癌的相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 食管癌的研究现状 |
| 1.2 端粒 |
| 1.3 端粒相关基因多态性的研究现状 |
| 1.4 研究内容和技术路线 |
| 1.4.1 研究内容 |
| 1.4.2 研究技术路线 |
| 第二章 端粒长度与食管癌风险的研究 |
| 2.1 实验材料与方法 |
| 2.1.1 研究对象 |
| 2.1.2 主要仪器与试剂 |
| 2.1.3 实验方法 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 Q-PCR扩增曲线和熔解曲线 |
| 2.2.2 研究对象的基本特征 |
| 2.2.3 不同特征人群RTL的比较分析 |
| 2.2.4 病例组与对照组人群端粒长度的交互分析 |
| 2.2.5 RTL与食管癌发病风险的总体分析 |
| 2.2.6 RTL与食管癌发病风险分层分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 端粒相关基因与食管癌的相关性研究 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 研究对象 |
| 3.1.2 主要实验仪器和试剂 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.1.4 数据统计分析 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 受试者基本信息 |
| 3.2.2 基因分型结果图 |
| 3.2.3 SNPs位点的基本信息及等位基因模型分析 |
| 3.2.4 遗传模型分析 |
| 3.2.5 连锁不平衡与单体型构建 |
| 3.2.6 UALCAN数据库预测 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 总结和展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 |
（7）DNMT3A/3B基因启动子区多态性位点与肺癌和胃癌易感性的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 肺癌和胃癌现状 |
| 1.2 单核苷酸多态性 |
| 1.3 DNA甲基化与肿瘤 |
| 1.3.1 表观遗传学概述 |
| 1.3.2 DNA甲基化 |
| 1.3.3 DNA甲基转移酶 |
| 1.4 本论文研究概述 |
| 1.4.1 研究内容 |
| 1.4.2 研究意义 |
| 1.4.3 研究思路 |
| 第2章 主要仪器和试剂 |
| 2.1 主要仪器 |
| 2.2 主要试剂 |
| 第3章 DNMT3A rs1550117 与非小细胞肺癌发病风险的关联研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 研究对象 |
| 3.3 实验过程 |
| 3.3.1 基因组DNA提取 |
| 3.3.2 设计合成引物 |
| 3.3.3 PCR扩增 |
| 3.3.4 酶切分型 |
| 3.3.5 测序验证 |
| 3.3.6 分型数据统计和分析 |
| 3.4 结果分析 |
| 3.4.1 研究对象的特征分布 |
| 3.4.2 等位基因与基因型频率分布以及遗传关联分析 |
| 3.5 荟萃分析 |
| 3.5.1 文献搜集 |
| 3.5.2 异质性检验及遗传关联分析 |
| 3.5.3 敏感性分析 |
| 3.5.4 发表偏倚分析 |
| 3.6 小结 |
| 3.7 讨论 |
| 第4章 DNMT3B基因启动子区rs424913和rs1569686 与胃癌和肺癌易感性的研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 研究对象 |
| 4.3 实验过程 |
| 4.3.1 基因组DNA提取 |
| 4.3.2 设计合成引物 |
| 4.3.3 PCR扩增 |
| 4.3.4 酶切分型 |
| 4.3.5 测序验证 |
| 4.3.6 统计分型数据 |
| 4.4 结果分析 |
| 4.4.1 研究对象的特征分布 |
| 4.4.2 等位基因与基因型频率分布以及遗传关联分析 |
| 4.4.3 单倍型分析 |
| 4.5 荟萃分析 |
| 4.5.1 文献搜集 |
| 4.5.2 异质性检验与遗传关联分析 |
| 4.6 小结 |
| 4.7 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间获得与学位论文相关的科研成果 |
（8）编码nAChR亚基基因的多态性分布对肺、食管癌发生、发展及吸烟行为影响的实验研究（论文提纲范文）
| 第一章 CHRNA5-A3-B4基因多态性对食管鳞癌发生、发展及吸烟行为影响的实验研究 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 附图及附表 |
| 参考文献 |
| 第二章 文献综述 |
| 参考文献 |
| 第三章 CHRNA5-A3-B4和CHRNB3-A6基因多态性对晚期非小细胞肺癌患者生存时间的影响 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 附图及附表 |
| 参考文献 |
| 英文论文Ⅰ |
| 英文论文Ⅱ |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
（9）中国汉族人群食管癌遗传易感基因多态性的研究进展（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 相关抑癌基因和癌基因 |
| 2 相关细胞因子及其受体 |
| 3 新近发现的食管癌易感相关基因 |
| 4 结论 |
| ■背景资料 |
| ■同行评议者 |
| ■研发前沿 |
| ■相关报道 |
| ■创新盘点 |
| ■应用要点 |
| ■同行评价 |
（10）食管癌预后和单核苷酸多态性的关系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 附表、附图和表清单 |
| 符号说明 |
| 第一部分:食管癌预后和临床表型的关系 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 材料与方法 |
| 1.2.1 材料来源及入组条件 |
| 1.2.2 诊断标准 |
| 1.2.3 流行病学调查和随访 |
| 1.2.4 统计学方法 |
| 1.3 结果 |
| 1.3.1 食管癌预后性别、年龄的关系 |
| 1.3.2 食管癌预后和肿瘤部位的关系 |
| 1.3.3 食管癌预后和大体类型的关系 |
| 1.3.4 食管癌预后和分化程度的关系 |
| 1.3.5 食管癌预后和临床分期的关系 |
| 1.3.6 食管癌预后和浸润程度的关系 |
| 1.3.7 食管癌预后和淋巴结转移的关系 |
| 1.3.8 食管癌预后和高、低发区的关系 |
| 1.3.9 食管癌预后和家族史的关系 |
| 1.3.10 食管癌预后和手术年代、手术方式的关系 |
| 1.3.11 食管癌预后和血型的关系 |
| 1.4 讨论 |
| 1.4.1 临床分期和预后的关系 |
| 1.4.2 家族史和预后的关系 |
| 1.4.3 高低发区和预后的关系 |
| 1.4.4 肿瘤部位和预后的关系 |
| 1.4.5 大体形态和预后的关系 |
| 1.4.6 肿瘤病理分化程度和预后的关系 |
| 1.4.7 年龄和预后的关系 |
| 1.4.8 性别和预后的关系 |
| 1.5 结论 |
| 1.6 参考文献 |
| 第二部分:食管癌预后及临床表型和单核苷酸多态性的关系 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 研究对象 |
| 2.2.2 实验试剂和仪器 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.2.4 DNA浓度测定 |
| 2.2.5 引物设计及合成 |
| 2.2.6 Sequenom MassArray系统基因分型 |
| 2.2.7 验证实验的SNP质控 |
| 2.2.8 统计方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 18个SNP位点的分型结果 |
| 2.3.2 18个位点的SNPs和食管癌预后的关系 |
| 2.3.3 18个位点SNPs和食管癌临床表型的关系 |
| 2.3.4 SNPs和食管癌预后的分层分析 |
| 2.3.5 SNPs和食管癌预后的联合分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 AHDC1和预后的关系 |
| 2.4.2 PPP1R14A和预后的关系 |
| 2.4.3 IRX1和预后的关系 |
| 2.4.4 PES1和预后的关系 |
| 2.4.5 C20orf54和预后的关系 |
| 2.5 结论 |
| 2.6 参考文献 |
| 第三部分 :C20orf54基因在食管癌组织中的不同表达和分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 材料来源 |
| 3.2.2 试剂 |
| 3.2.3 方法 |
| 3.2.4 实验对照 |
| 3.2.5 免疫组化阳性分级标准 |
| 3.2.6 统计学方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 食管癌组织中C20orf54蛋白表达结果 |
| 3.3.2 食管癌变不同浸润程度组织中C20orf54蛋白的表达结果 |
| 3.3.3 食管癌组织中C20orf54蛋白的表达结果与基因型分布差异 |
| 3.3.4 食管癌组织中C20orf54蛋白表达与预后差异 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 3.6 参考文献 |
| 综述 食管癌预后相关因素的研究 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简历 |
| 博士研究生学习期间发表的文章及参加的国际会议 |
| 博士研究生学习期间参加的科研项目 |
| 致谢 |
四、陕西汉族人群和食管癌患者Rb基因的多态性（论文参考文献）
- [1]陕西汉族非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关性及MIR17HG与其microRNAs在结直肠癌中的作用研究[D]. 陈鹏. 西北大学, 2021(12)
- [2]阳江高本底辐射地区居民IL-2、IL-2R基因表达水平和IL-2R基因多态性研究[D]. 唐颖. 广东药科大学, 2020(02)
- [3]ALDH2和C12orf30基因多态性与新疆汉族、哈萨克族食管鳞癌的易感性及预后的相关研究[D]. 刘攀. 新疆医科大学, 2020(03)
- [4]基于炎性基因多态性的胃癌个体化风险评估[D]. 张月华. 郑州大学, 2020(02)
- [5]胃癌危险因素的定量评估及发病风险预测模型构建[D]. 段富交. 郑州大学, 2020(02)
- [6]端粒长度及端粒相关基因与陕西汉族人群食管癌的相关性研究[D]. 李静. 西北大学, 2019(01)
- [7]DNMT3A/3B基因启动子区多态性位点与肺癌和胃癌易感性的研究[D]. 王晶东. 武汉理工大学, 2019(07)
- [8]编码nAChR亚基基因的多态性分布对肺、食管癌发生、发展及吸烟行为影响的实验研究[D]. 王阳. 山东大学, 2014(01)
- [9]中国汉族人群食管癌遗传易感基因多态性的研究进展[J]. 莫赛军,柯少瑞,张佳彤,杨胜利. 世界华人消化杂志, 2013(21)
- [10]食管癌预后和单核苷酸多态性的关系[D]. 袁翎. 郑州大学, 2011(12)